Die wichtigsten klinischen Indikationen für eine MRT-Untersuchung des Herzens beinhalten die Darstellung der Pathomorphologie des Herzens und der großen Gefäße, die Funktionsdiagnostik des Herzens bei eingeschränkter echokardiographischer Beurteilbarkeit, die exakte Quantifizierung der LV-Funktion sowie die Beurteilung von Herzklappenerkrankungen, die Vitalitätsdiagnostik bei Patienten nach akutem Myokardinfarkt oder bei chronischer Myokardischämie, die Darstellung von linksventrikulären Thromben und zunehmend auch die Perfusionsdiagnostik zur Ischämiediagnostik. Zusätzlich erlaubt das MRT die Diagnose von entzündlichen Veränderungen bei Herzmuskelerkrankungen.

Weitere, seltenere Indikationen sind die Charakterisierung von Herztumoren sowie die Untersuchung von Patienten mit angeborenen Herzfehlern im Erwachsenenalter.

MRT-Untersuchungen werden in Zusammenarbeit mit dem Institut für Radiologische Diagnostik durchgeführt.